Die kommunalen Unternehmen der Stadt Gera blicken auf eine lange Tradition zurück, die in der DDR-Zeit zunächst in der Verstaatlichung in Volkseigenen Kombinaten zu enden schien. Doch nach der Wende bot sich für die Energie-, Verkehrs- und Entsorgungsbranche die Chance für einen Neuanfang. Am 25. Oktober 1990 machte der Stadtrat den Weg frei für die Neugründung der Stadtwerke Gera AG. Als Partner in den alten Bundesländern entschied sich die Stadt damals für die ebenfalls kommunale Hessische Elektrizitäts AG (HEAG) aus Darmstadt, die mit 26 Prozent bei der Stadtwerke Gera AG (SWG) einstieg.

1991 wurde die  Energieversorgung Gera GmbH (EGG) gegründet, der im Juni 1993 die Kraftwerke Gera GmbH (KWG) und 1998 die INFRASERV Dienstleistungen Gera GmbH folgten – alle drei Unternehmen wurden 100-prozentige Töchter der SWG. Am 1. Januar 1999 brachte die Stadt mit der Geraer Verkehrsbetrieb GmbH (GVB), der Flugbetriebsgesellschaft mbH (FGG) und der GERAER Stadtwirtschaft GmbH (GSW) ihre kommunale GEsellschaften in die Stadtwerke Gera AG ein. Zugleich übernahm die Kommune die Anteile der HEAG und wurde damit alleinige Gesellschafterin der Stadtwerke Gera AG. Im Austausch erhielten die Darmstädter Anteile an der EGG, die zum selben Zeitpunkt mit der Gasversorgung Gera GmbH (GVG) verschmolz. So wurden die Weichen gestellt für eine leistungsfähige Holding, die Geras kommunale Dienstleistungsunternehmen unter ihrem Dach vereint.

Im Juni 2001 kauften die Stadtwerke Gera AG die von der Thüringer Energie AG (TEAG), der Hessischen Energie AG (HEAG) und der Contigas gehaltenen Anteile an der EGG und der KWG auf und veräußerten sie weiter: Gesucht wurde ein starker europäischer Partner mit gleichgerichteten Zielen. In einem europäischen Bieterverfahren setzte sich die belgische Electrabel S.A. durch. Seit Januar 2002 hält die inzwischen in Berlin niedergelassene Electrabel Deutschland AG (seit Februar 2009: GDF Suez Energie Deutschland AG) jeweils 49,9 Prozent an den beiden Stadtwerke-Töchtern.

Im Januar 2003 erwarb die SWG 74,9 Prozent der Anteile an der Geraer Wohnungsbaugesellschaft „Elstertal“ mbH.

Seit Herbst 2004 hält die Stadtwerke Gera AG 25,1 Prozent der Anteile an der Abfallverwertung Zorbau GmbH, die die Müllverbrennungsanlage in dem sachsen-anhaltinischen Ort betreibt. Mehrheitseigner hier ist die SITA Deutschland GmbH mit Sitz in Köln. Im selben Jahr gingen die Stadtwerke bei der Gründung der Entsorgung-Logosik-Ostthüringen GmbH (ELOGO) eine weitere Partnerschaft mit der SITA Deutschland GmbH ein: An der Elogo hält die SWG 74,8 Prozent der Anteile, SITA 25,2 Prozent. Die Elogo ist zuständig für den Transport von Restabfällen aus den neu eingerichteten Müllumladestationen zur Abfallverwertungsanlage nach Zorbau. Aus strategischen Gründen trennte sich die SWG Ende 2007 wieder von diesem Tochterunternehmen und verkaufte ihre Gesellschafteranteile an die SITA.

Mit Inkrafttreten des Energiewirtschaftsgesetzes im Jahre 2005 stellte sich die EGG auf die nun vorgeschriebene Trennung von Netzbetrieb und Energievertrieb ein. In der Folge wurde im September 2005 die GeraNetz GmbH als Tochter der EGG gegründet. Die GeraNetz GmbH ist als örtlicher Netzbetreiber für den Betrieb der Strom- und Gasnetze in Gera zuständig, versorgt die Bürger mit Strom- und Gasanschlüssen. Dafür pachtet die Gesellschaft die Netze der EGG und arbeitet über Dienstleistungsverträge mit dem Unternehmen zusammen. Gleichzeitig wurde die INFRASERV Dienstleistungen GmbH in die EGG zurückgeführt, um das Dienstleistungsangebot im Energievertrieb der EGG zu stärken.

Die jüngste Veränderung in der Stadtwerke-Struktur wurde zum 1. Oktober 2007 wirksam, als die GUD GERAER Umweltdienste GmbH & Co KG (GUD) ihre Geschäftstätigkeit aufnahm. Für dieses neue Entsorgungsunternehmen ging die Stadtwerke Gera AG eine Partnerschaft mit der Veolia Umweltservice Ost GmbH & Co KG ein, die 49 Prozent der Anteile an der Gesellschaft hält. Die bisherige Stadtwerke-Tochter GERAER Stadtwirtschaft GmbH bleibt als 100-prozentiges Tochterunternehmen der GUD erhalten.

Zum 31. Dezember 2007 trennte sich die Stadtwerke Gera AG zudem wie beschrieben von ihren Anteilen an der Entsorgung Logistik Ostthüringen GmbH (Elogo).